ORAC

> Guillermo:
> Te envio un programa donde ya se implento las rutinas de PME
   > para cargas, el codigo se llama: ORAC. (
> htt://www.cecam.fr/links/software.html )
> Tambien te envio la cita de un articulos donde dan a conocer su programa:
> J. Computational Chemistry, vol. 18, No. 15, 1848-1862 (1997).
> Te envio el manual del programa (manual.ps) y un capitulo de un libro
 > donde hablan
> de SPME.
 >
> saludos
 > jamr
>
> PD
> La rutina de PME se encuentra en  orac4.0/src/pme_code.f
>
>
>

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#  Minimize Crystallographic structure form PDBank 

###############################################################

#

# Set MD cell and read pdb coordinates

#

&SETUP

   CRYSTAL  50.0 50.0 50.0 90.0 90.0 90.0 

   READ_PDB  ../pdb/bpti0.pdb

&END

#

# read ASCII databases and build up solute 

#

&PARAMETERS

   READ_TPG_ASCII  ../lib/amber95.tpg

   READ_PRM_ASCII  ../lib/amber95.prm

   ADD_TPG SOLUTE

     bond 1sg 2sg residue  5 55                                 

     bond 1sg 2sg residue 14 38                                 

     bond 1sg 2sg residue 30 51                                 

   END                                                  

   JOIN SOLUTE

       arg-h pro asp phe cys leu glu pro pro tyr thr gly pro    

       cys lys ala arg ile ile arg tyr phe tyr asn ala lys      

       ala gly leu cys gln thr phe val tyr gly gly cys arg      

       ala lys arg asn asn phe lys ser ala glu asp cys met      

       arg thr cys gly gly ala-o po4 hoh x 167                  

   END                                                     

&END

#

#  Simulation  Commands:  Minimize the structure 

# 

#

&SIMULATION

   MINIMIZE

      CG  0.01

   END 

&END

#

#  Cutoff for minimize is 7.0 A. 

#

&POTENTIAL

   UPDATE      20.0   1.5

   CUTOFF  7.0 

   STRETCHING 

   QQ-FUDGE  0.83333

   LJ-FUDGE  0.50

&END

#

#  do 20 minimization step and intermediate printout every 5

#

&RUN

   CONTROL      0

   TIME         20.0

   PRINT         5.0

&END

#

# write final pdb file to 1.pdb 

#

&INOUT

   ASCII    20.0 OPEN 1.pdb 

&END